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Situé dans la Vallée de la rivière dite Furieuse, à 300 mètres d'altitude, le site de Salins les Bains est occupé depuis l'époque Gauloise. Le fait que la ville soit installée dans une vallée étroite, mais surtout la présence de mines de sel dans les collines qui l'abordent, explique l'intérêt stratégique de Salins les Bains qui est la seconde ville de Franche Comté au Moyen Âge. Le Fort Belin ainsi que le Fort Saint André surplombent donc la ville de chaque côté afin de protéger l'Or Blanc (le sel).
 

  Le Fort Saint André est un lieu stratégique depuis très longtemps, les Celtes occupaient cette place depuis 600 avant JC. Par la suite, les Romains y installèrent leurs camps fortifiés appelés Opipdum et la première construction en dur date de 937.

  La défense par les plateaux proches débute aux XIIIème siècle. Les châteaux Belin et Bracon sont construits à cette époque de même qu'une tour de Guet sur le plateau de Saint André (en 1265 pour ce dernier). Le nom Saint André vient, selon la légende, des croix de Saint André qui ornaient les boucliers des soldats lors de l'inauguration de cette tour.
 La tour Saint André est reconstruite après un siège en 1347. A la suite du mariage de Marie de Bourgogne avec Maximilien d’Autriche en 1477, Salins les Bains, comme la Franche Comté est rattachée au Saint Empire Romain-Germanique des Habsbourg d’Espagne.
 

Les premiers chantiers modernes ont lieu pendant la Guerre de Trente Ans. Une menace Française conduit les Espagnols à renforcer les défenses de la tour Saint André, par l'ajout d'un rempart doté de créneaux et de meurtrières autour d'elle. Les Français s'emparent de Salins les Bains pendant la Guerre de Hollande en 1674, date à laquelle la Tour Saint André disparaît.
Louis XIV ordonne à Vauban la reconstruction du Fort Saint André. Celui-ci était prévu pour 500 soldats. Pour cela, un nouveau front bastionné sur le flanc d’attaque à l’Ouest est bâti. Il comporte deux bastions, une demi-lune, un pont levis, une porte et un corps de garde. Le reste du rempart ne comporte qu’une muraille sur les autres flancs plus abrupts. Dans le Fort, il bâtit une chapelle, deux casernes, une maison du gouverneur, des écuries, une poudrière et deux citernes.  
Les chantiers ont duré de 1674 à 1679. Lors de sa mise en service en 1678, le Fort fut érigé en place de guerre, avec un état-major particulier. Les garnisons qui siégeaient dans ses casernements étaient pour beaucoup composés d’invalides.
 

De plus, le Fort reçu, à partir de 1682, nombre de prisonniers inculpés dans l’affaire des poisons dont parmi eux treize femmes. Jusqu’à la Révolution, bon nombre de prodigues, libertins et mêmes religieux y sont enfermés dans des conditions parfois très difficiles.  A partir de 1789, les opposants au régime royal, se succédèrent dans les cachots du Fort. C’est à cette période que de 1793 à 1799 que l’on rebaptisa Saint André en Fort Égalité.  
 
En 1814, les deux forts sont ravagés par un siège autrichien. Les travaux de réparations sont alors engagés en 1819. Le Fort Saint André est restauré à l'identique de 1833 à 1841. En 1890, le Fort Saint André fut déclassé et perdit son titre de place de guerre.  
Une compagnie d’infanterie occupa le Fort jusqu’en Août 1914, puis en 1917,il a accueilli les blessés et les invalides de la Grande Guerre. Déchu d’utilité, il fut abandonné et mis en vente.  
 
 En 1922, le Fort Saint André fut classé monument historique et acheté par la ville de Salins les Bains dans le but de recevoir des colonies scolaires.
 
 La première colonie eut lieu en 1924 avec 185 enfants. En 1931, celle-ci accueillait 1500 enfants. Le fort fut donc réaménagé : la caserne donna naissance à des dortoirs pour filles et garçons, la chapelle était utilisée comme salle de théâtre, les glacis comme espace de jeu, et un stade fut installé au lieu-dit La Pelouse. Les colonies scolaires ont été coupées pendant la seconde Guerre Mondiale.  

   Le 17 juin 1940, Pétain signe l'armistice avec l'Allemagne, c'est donc la date où les Allemands arrivent à Salins les Bains. Le 23 juin 1940, ceux-ci arrivent au Fort Saint André. Ils utilisaient le Fort comme terrain d'essai. Ils ont notamment simulé une attaque avec obus, coups de fusils, grenades, mitrailleuses etc. Un incendie d'origine inconnu se déclare le 13 février 1942. La Chambre Vauban y est détruite. Des pillages eurent lieu à cette époque, par exemple la grande porte à l'entrée du Fort disparu, ainsi que tous les métaux. A la suite de ces pillages, un arrêté municipal a interdit toutes personnes non munit d'une autorisation à accéder au Fort, avec un panneau Danger de Mort, le 3 juillet 1942.  
 
    Après la fin de la Guerre, le bail du Fort a été mis aux enchères car la municipalité n’avait pas les moyens de l’entretenir suite aux dégâts causés par l’occupation des troupes ennemies.  
 
   Le Fort est redevenu colonie de vacances pour les enfants de l’armée de la défense de 1952 à 1982. Les années suivantes, les anciens casernements ont été restaurés pour devenir de magnifiques chambres d’hôtes à ce jour mais ces extérieurs ont été abandonnés.

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